博士班課程
本所課程擬劃分為三大類型，以反應本所應用材料科學導向之特色。
第一類為「博聞廣視」必修課程。
第二類為「精專奠基」選修課程。
第三類為「活學靈用」選修課程。
未來博士生必須完成上列三大類中課程之必修課及選修課之必需學分(總共至少18學分)並撰寫畢業論文，完成畢業口試後方可畢業。
必修科目表
淡江大學理學院應用科學博士班 115 學年度入學新生起必修科目表
淡江大學理學院應用科學博士班 114 學年度入學新生起必修科目表
淡江大學理學院應用科學博士班 113 學年度入學新生起必修科目表
淡江大學理學院應用科學博士班 112 學年度入學新生起必修科目表
淡江大學理學院應用科學博士班 111 學年度入學新生起必修科目表
淡江大學理學院應用科學博士班 110 學年度入學新生起必修科目表
課程規劃表
淡江大學理學院應用科學博士班 115 學年度入學新生課程規畫表
淡江大學理學院應用科學博士班 114 學年度入學新生課程規畫表
淡江大學理學院應用科學博士班 113 學年度入學新生課程規畫表
淡江大學理學院應用科學博士班 112 學年度入學新生課程規畫表